Chùa Thiền Tôn tọa lạc trên một ngọn đồi cao của xã Dương Xuân ngày trước, nay là thôn Ngũ Tây, xã Thủy An, huyện Hương Thủy, tỉnh Thừa Thiên, mặt hướng về phía Tây Bắc; nhìn xuống phía dưới là một vùng gò đất bằng phẳng, có nhiều khe suối ngang dọc chảy qua; bên phải chùa là phía triền thấp của núi Thiên Thai; cho nên trước kia, ngôi chùa nầy lại còn có tên là Thiên Thai Thiền Tự cũng còn gọi là Thiên Thai Nội Tự. Có sách ghi Chùa Thuyền Tôn, đây là nơi phát xuất phái thiền Liễu Quán ở Việt Nam.

Chùa do Thiền sư Liễu Quán (1667-1742) khai sơ vào đầu thế kỷ XVIII. Chùa được trùng tu năm 1746 do ngài trụ trì Tế Hiệp – Hải Điện khởi công. Chưởng Thái giám Đoán Tài Hầu pháp danh Tế Ý đứng ra vận động xây dựng ngôi chùa khang trang, cho đúc đại hồng chung nay vẫn còn.

Các vị trụ trì kế tiếp là Tế Mẫn – Tổ Huấn, Đại Tuệ – Chiếu Nhiên đều có trùng tu ngôi tổ đình. Chùa Thiền Tôn tiếp tục được trùng tu vào năm 1793 do bà Đốc Hữu phát nguyện và năm 1799 do Hoàng đệ Thái Tể (thuộc triều Tây Sơn) phát nguyện trùng tu tự viện trang nghiêm. Năm 1803, ngài Đạo Tâm – Trung Hậu trụ trì đã tổ chức trùng kiến. Bà Lê Thị Tạ pháp danh Tiên Quý đã có công quả lớn trong lần trùng tu này. Chùa được làm sườn gỗ lợp ngói, sinh hoạt Phật sự được phục hưng và phát triển.

Chùa được trùng tu thành tòa phạm vũ nguy nga vào các năm 1807-1809 do hai vị công chúa trong triều phát tâm cúng dường và tứ chúng đồng tâm hỗ trợ; trùng tu năm 1886 do Đại sư Hải Nhuận – Phước Thiêm tổ chức và năm 1899 do Đại sư Tâm Thiền tổ chức.

Năm 1940, chùa bị hư hỏng nặng, Hòa thượng Trừng Thủy – Giác Nhiên, vị trụ trì đời thứ 10 đã tổ chức đại trùng tu ngôi chùa. Sau 60 năm chưa được sửa chữa, chùa bị hư dột nhiều nơi, năm 2000, Hòa thượng Thích Thiện Siêu, trụ trì đời thứ 11 đã cho khởi công đại trùng tu ngôi chùa với kinh phí khoảng 2 tỷ đồng, được khánh thành vào ngày 09-3-2001.

Đây cũng là tổ đình của Thiền Phái Liễu Quán, một hệ phái của Thiền Lâm Tế truyền bá từ Trung Hoa sang Việt Nam. Xung quanh chùa là những dãy đồi chập chùng, nối kế đuôi nhau. Sau lưng là phía đầu của ngọn núi, quanh năm mây trắng lửng lờ; nhiều hàng thông bát ngát nối nhau tưởng chừng như bất tận; một cảnh trí hùng vĩ trang nghiêm và siêu thoát trong toàn bộ cảnh quan của vùng này.

Con đường từ vùng chánh lộ vào chùa Thiền Tôn khá quanh co, khúc khuỷu, phải ngang qua vùng Đàn Nam Giao trước kia, theo con đường vào Nghĩa Trang hiện nay của thành phố. Đây cũng chính là mồ chôn tập thể trong biến cố Mậu Thân 1968. Một chiếc cầu dẫn vào chùa phải đi ngang qua con kênh Thủy Lợi Nam, do dân Huế đào trong khoảng 1977-1978, nhưng nay thì đã khô cạn. Rẻ vào đường, đi chừng hai cây số thì thấy được tìm bảng gỗ đề Tổ đình Thuyền Tôn.

Cảnh trí trong vùng này thật u tịch, phải đi quanh co theo những đường đồi nghiêng thoai thoải, khi lên, khi xuống, lại qua những khe suối nhỏ và lưng chừng của sườn núi. Thành thử vùng đất chùa này khá hoang vu, cô tịch nếu so với những ngôi chùa khác trong vùng. Một công trình kiến trúc nổi tiếng trong vùng này là tháp Liễu Quán. Nghệ thuật xây dựng và điêu khắc của ngôi tháp này khá hài hòa, khúc chiết, nếu so với những ngôi tháp các chùa khác.

Sau lưng Chùa Thiền Tôn, sâu vào trong núi, còn có một bảo tháp khác, lớn hơn và tinh vi hơn: đó là bảo tháp của ngài Đệ Nhị Tăng Thống Giáo Hội PGVNTN Đại Lão Hòa Thượng Thích Giác Nhiên, cố trụ trì của chùa Thuyền Tôn. Cả hai ngôi tháp này được ca tụng là đẹp nhất trong toàn vùng này.

Chùa Thiền Tôn đã được Trung tâm Sách kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục năm 2008 :”Chùa Thiền Tôn, nơi phát xuất phái thiền Liễu Quán ở Việt Nam.” Tổ đình Thiền Tôn là ngôi thiền tự lớn ở Huế xưa nay.