Chùa Quảng Tế trước kia nguyên là một thảo am của Hoà Thượng Hoàng Thiều lập vào cuối thế kỷ thứ 18. Đầu thế kỷ 19, Đô Thống Chưởng Phủ Sự Trần Văn Năng, người được giao chỉ huy công trình xây đàn Nam Giao dùng ngôi thảo am này làm bản doanh. Chùa tọa lạc trên triền núi Hoàng Long, đường Thanh Hão, xã Thủy Xuân, thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên – Huế. Chùa thuộc hệ phái Bắc tông.

Sau khi xây xong đàn (1806) ông dựng chùa rồi để cho em gái đã xuất gia là ni cô Thanh Giản làm nơi tu hành. Ni cô đặt tên chùa là Quảng Tế Am. Sau đó năm 1830 ni cô cúng dường am cho bổn sư là ngài Hải Nhu, Tăng Cang chùa Thiên Mụ, thuộc thế thứ 40 dòng thiền Lâm Tế, thứ 6 dòng thiền Liễu Quán. Ngài Hải Nhu cho trùng kiến và năm 1848 được vua Tự Đức ban biển Sắc Tứ Quảng Tế Tự. Qua nhiều lần trùng tu bây giờ chùa Quảng Tế là một ngôi chùa rất lớn và trang nghiêm.

Theo cuốn sách Những ngôi chùa Huế (Hà Xuân Liêm, 2000) có viết chùa được một nhà sư thuộc Thiền phái Lâm Tế khai sơn vào cuối đời vua Gia Long. Sau đó, bà Thanh Giản đến lập am tu hành nơi đây, gọi là Quảng Tế am. Khoảng đầu đời vua Thiệu Trị, bà Thanh Giản giao chùa cho ngài Hải Nhu, vốn xuất gia tu học ở chùa Sắc tứ Tịnh Quang, Quảng Trị. Năm 1844, ngài Hải Nhu đã cho đại trùng tu ngôi chùa, chú tạo nhiều tượng Phật.

Chùa được trùng tu vào các năm 1904. Năm 1929, 1938, Hòa thượng Thanh Trí tổ chức trùng tu chùa, lợp ngói, mở rộng tăng xá. Thượng tọa Thích Chơn Hương trụ trì chùa từ năm 1978 đến nay. Ngôi chùa ngày nay được xây dựng quy mô to đẹp nhưng vẫn mang nét thanh tịnh chốn thiền môn.